Comme tout traitement, plus de détails peut entraîner des effets indésirables, bien que tous les patients n'y soient pas sujets. Les effets secondaires les Plus De détails fréquemment rapportés avec l'hydroxychloroquine concernent les troubles digestifs.
Des nausées, des vomissements, des douleurs abdominales ou une perte d'appétit peuvent survenir en début de médecine. Des maux de tête et des étourdissements ont également été observés.
Des effets plus rares mais plus graves peuvent concerner la vision, la peau ou le système cardiovasculaire. En cas de manifestation inhabituelle, il est conseillé de demander à un docteur sans délai. La liste complète des effets indésirables figure dans la notice du remède.